在中华人民共和国，中药药剂师证书的盖章部门主要有以下几个：国家药品监督管理局、各省市药品监督管理局、卫生健康委员会等，这些部门的盖章都是有效的，但具体使用哪个部门的盖章，需要根据实际情况来判断。

国家药品监督管理局(原国家食品药品监督管理总局)是中药药剂师证书的主要盖章部门，国家药品监督管理局负责制定和发布中药药剂师的职业资格标准，对中药药剂师的培训、考试、认证等工作进行统一管理，国家药品监督管理局的盖章具有最高的权威性，在求职、晋升等方面，拥有国家药品监督管理局盖章的中药药剂师证书是最被认可的。

各省市药品监督管理局也是中药药剂师证书的重要盖章部门，各省市药品监督管理局在国家药品监督管理局的指导下，负责本行政区域内的中药药剂师管理工作，各省市药品监督管理局的盖章也具有一定的权威性，在求职、晋升等方面，拥有省市级药品监督管理局盖章的中药药剂师证书也是有一定竞争力的。

卫生健康委员会(原卫生部)也是中药药剂师证书的盖章部门之一，卫生健康委员会负责制定和实施中医药事业的发展规划，对中医药人才的培养、选拔、使用等方面进行指导，卫生健康委员会的盖章在一定程度上也具有权威性，在求职、晋升等方面，拥有卫生健康委员会盖章的中药药剂师证书也是有一定价值的。

中药药剂师证书的盖章部门主要包括国家药品监督管理局、各省市药品监督管理局、卫生健康委员会等，这些部门的盖章都是有效的，但在实际使用中，国家药品监督管理局的盖章具有最高的权威性，建议在求职、晋升等方面，尽量选择拥有国家药品监督管理局盖章的中药药剂师证书，也要注意了解各个部门对于中药药剂师证书的具体要求和规定，以便更好地发挥自己的专业优势。