中国医学科学院针灸师证书是由中国医学科学院(简称“医科院”)颁发的，该证书在卫生健康委员会(简称“卫健委”)是被承认的。

中国医学科学院是中国最高医学研究机构和全国性医疗卫生综合性研究机构，成立于1956年，其主要任务是开展医学科学研究、教育培训、医学科技成果转化和国际交流合作等工作，针灸师证书作为医科院的一项培训项目，具有较高的权威性和专业性。

卫生健康委员会是中华人民共和国国务院组成部门之一，负责全国卫生和健康工作，其主要职责包括制定和实施国家卫生和健康政策、法规和标准，监督和管理医疗卫生服务，以及组织实施国家基本药物制度等，针灸师证书作为卫健委认可的专业技能资格证书，具有一定的法律效力和市场竞争力。

需要注意的是，虽然中国医学科学院针灸师证书在卫健委是被承认的，但这并不意味着持有该证书的人就一定具备了足够的专业能力和实践经验，针灸是一门涉及广泛的学科，除了理论知识外，还需要掌握丰富的临床经验和技术操作技巧，在选择针灸师时，除了查看其证书的真实性和合法性外，还应该综合考虑其专业背景、实践经验和口碑等因素。