中医针灸师资格证书的发证机关是国家中医药管理局，根据《中华人民共和国中医药法》和《中华人民共和国职业资格条例》，国家中医药管理局负责全国中医药行业的管理和监督，包括中医药从业人员的职业资格认证工作。

国家中医药管理局设立了职业技能鉴定指导中心，负责组织和实施全国中医药行业职业技能鉴定工作，中医针灸师资格证书的颁发，需要经过以下几个步骤：

1、报名参加考试：考生需在规定时间内向指定地点报名，填写相关信息并缴纳考试费用。

2、参加理论考试：考生需参加理论考试，主要测试中医药基础知识、针灸学理论等内容，考试成绩达到一定标准后，方可进入下一阶段。

3、参加实际操作考试：考生需参加实际操作考试，主要测试针灸技能和操作能力，考试成绩同样需要达到一定标准后，方可获得证书。

4、审核和颁证：国家中医药管理局对考生的理论考试和实际操作考试成绩进行审核，符合要求的考生将获得中医针灸师资格证书，证书上注明持证人的姓名、性别、身份证号、发证日期等信息，并加盖国家中医药管理局公章。

中医针灸师资格证书的发证机关是国家中医药管理局，其颁发的证书具有权威性和合法性，持有中医针灸师资格证书的人员，在从事针灸治疗时将受到法律保护，同时也能够提高自身的职业素质和竞争力。