1、国家卫生健康委员会(National Health Commission of the People's Republic of China,简称NHC):作为中华人民共和国的最高卫生行政部门，NHC负责制定和发布中医药行业的政策法规，对中药调理师证书的发放和管理具有最终决定权，NHC下设的国家中医药管理局(State Administration of Traditional Chinese Medicine,简称SATCM)负责具体的证书发放工作。

2、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会(Health Commission of Provinces, Autonomous Regions and Municipalities):各省、自治区、直辖市卫生健康委员会在NHC的指导下，负责本地区的中药调理师证书的发放和管理，各级卫生健康委员会下设的中医药管理部门负责具体的证书发放工作。

3、中医药行业组织：如中国中医科学院、中华中医药学会等，这些组织在国家卫生健康委员会和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会的指导下，负责中医药行业的研究、教育、培训等工作，对中药调理师证书的发放和管理也具有一定的影响力。

4、中医药职业培训机构：如中医药大学、中医药高等专科学校等，这些培训机构在国家卫生健康委员会和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会的指导下，负责培养中医药人才，对中药调理师证书的发放和管理也具有一定的影响。

5、社会力量：如一些专业的中药调理师培训机构、考试辅导机构等，这些机构在国家卫生健康委员会和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会的指导下，负责培训和辅导中药调理师考试，对中药调理师证书的发放和管理也具有一定的影响。

6、国际组织：如世界卫生组织(World Health Organization,简称WHO)等，虽然WHO主要关注全球公共卫生问题，但在中医药领域也有一定的参与和影响力，WHO可能会对中药调理师证书的发放和管理提出建议或要求。

中药调理师证机构的发证部门主要包括国家卫生健康委员会、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会、中医药行业组织、中医药职业培训机构、社会力量和国际组织等，这些部门在各自的职责范围内，共同负责中药调理师证书的发放和管理，确保中药调理师的专业素质和能力得到充分认可。