中医康复理疗师证书发证机关是指负责颁发中医康复理疗师资格证书的政府机构或相关部门，中医康复理疗师证书的发证机关主要有以下几个：

1、国家卫生健康委员会(原卫生部):作为中国政府部门，国家卫生健康委员会负责全国卫生和健康工作的综合协调、政策制定和监督管理，在中医药领域，国家卫生健康委员会负责制定中医药发展规划、政策和标准，对中医药事业进行宏观指导和管理，国家卫生健康委员会是中医康复理疗师证书的主要发证机关之一。

2、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会：在国家卫生健康委员会的指导下，各省、自治区、直辖市卫生健康委员会负责本行政区域内的卫生和健康工作，各级卫生健康委员会根据国家卫生健康委员会的方针政策和法律法规，结合本地实际情况，制定具体的中医药管理措施，各省、自治区、直辖市卫生健康委员会也是中医康复理疗师证书的重要发证机关。

3、中医药管理部门：各级中医药管理部门负责本行政区域内中医药的监督管理工作，这些部门包括中医药管理局、中医药发展局等，中医药管理部门负责组织实施中医药事业的发展、规划、政策制定和标准制定等工作，对中医药从业人员进行资格认证和培训，中医药管理部门也是中医康复理疗师证书的发证机关之一。

4、职业技能鉴定中心：职业技能鉴定中心是由国家人力资源和社会保障部批准设立的，具有职业技能鉴定职能的机构，职业技能鉴定中心负责组织开展各类职业技能鉴定工作，包括中医康复理疗师证书的考试和发证，职业技能鉴定中心也是中医康复理疗师证书的发证机关之一。

5、行业协会和学会：有一些专门从事中医药行业的协会和学会，如中国中医学会、中华中医药学会等，这些协会和学会在国家卫生健康委员会等政府部门的指导下，负责组织和开展中医药学术研究、教育和培训工作，部分行业协会和学会还具备中医康复理疗师证书的考试和发证职能，部分行业协会和学会也是中医康复理疗师证书的发证机关之一。

中医康复理疗师证书的发证机关主要包括国家卫生健康委员会、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会、中医药管理部门、职业技能鉴定中心以及行业协会和学会等，这些发证机关依据国家法律法规和政策要求，负责对中医康复理疗师进行资格认证和培训，确保其具备相应的专业技能和素质。